导 读
在全球化背景下，传染病的爆发更易引发大流行；此外，微生物耐药日趋严峻，高毒力或耐药菌株不断进化，造成极大健康和经济负担。因此，我们应进行多渠道监测和预警，包括临床样本、分离株及环境样本的监测，为局部传播或引发大流行的“Disease X”做好准备。
欧洲临床微生物学与感染病学会全球大会（ESCMID Global 2025）大会上，有多项研究利用测序技术，快速揭示传染病的起源、传播、病原遗传特征等，为疾病的防控和治疗提供了依据。
2023年中国台湾登革热疫情研究
2023年，中国台湾出现了登革热疫情，共报告26,706例确诊病例，集中在台南、高雄和云林等地。
中国台湾高雄医学大学的研究人员通过扩增区段后测序并进行进化树分析，分析结果表明，DENV-1和DENV-2为主要血清型，台南的DENV-1（A图GI）和云林的DENV-1（A图GIV）分别与惠州/老挝毒株及印尼毒株形成聚类；高雄的DENV-2（B图Cosmopolitan genotype）则与柬埔寨、泰国毒株聚为一类。
研究结果表明，2023年台湾登革热疫情主要由输入性病例和适宜蚊媒传播的环境条件共同驱动。当前流行毒株与周边国家毒株的遗传关联性，突显了持续开展分子监测和跨境公共卫生合作的重要性。
2024年中国天津EV-A71 B5亚型引发手足口病的研究
肠道病毒 A71（EV-A71）是引发手足口病（HFMD）的主要病原体。在中国大陆，此前引发手足口病的优势毒株为C4a亚型。但在2024年6月，天津出现了由B5亚型引起的手足口病突发疫情。
为此，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所的研究人员迅速分离出3株B5毒株，并对其全基因组进行测定，发现与2023年山东分离的一株毒株具有高度核苷酸同源性，并与日本、越南流行株高度一致，但与国内既往报告的B5型毒株存在显著核苷酸差异。这表明本次疫情可能源自这些周边国家的输入，空间传播路径分析也有效佐证了这一输入性推论。重组分析显示，毒株在非结构蛋白编码区P2和P3区发生了多次重组事件，可能重组供体为日本B5型毒株（LC311992）和柯萨奇病毒A2型（MH111016.1）。
据悉，这是中国大陆首次报告由EV-A71亚基因型B5引发的疫情，这也提示相关部门需要更加关注各种EV-A71亚型的输入情况，以便及时采取防控措施。
2023年中国云南急性出血性结膜炎疫情的研究
2023年9-11月，云南省发生了3385 例急性出血性结膜炎（AHC）疫情。中国疾病预防控制中心的研究人员从8例患者的结膜拭子中分离出2株病毒，经测序和分析，确定病原体为柯萨奇病毒 A24 变异株（CVA24v）。
随后，基于3C区域的系统发育分析，研究人员发现云南的CVA24v菌株属于基因型IV，与2023年中国广东、印度和巴基斯坦AHC疫情相关菌株序列相似度高，且在该基因型内聚为一个独立传播分支。
ST9型耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的毒力研究
金黄色葡萄球菌是导致医院和社区获得性感染的重要病原菌，其辅助基因调控（Arg）系统对毒力因子起调节作用。ST9型作为亚洲主要的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA），以多重耐药性闻名，但目前针对其毒力的研究较少。
浙江大学医学院附属邵逸夫医院、浙江省人民医院的研究团队采用全基因组测序和比较基因组学方法，对其致病性、毒力基因等进行了探讨。研究结果表明， ST9型毒力确实受Arg系统及下游核心基因组毒力因子调控，agr野生型ST9菌株表现出的溶血活性与高致病性社区获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（CA-MRSA）ST72克隆株相当。此外，研究还发现，ST9型携带独特的致病岛和毒力基因，拥有源自牲畜MRSA重组的新型前噬菌体结构。因此，ST9型的高毒力潜力给临床诊断和治疗带来了挑战，这也凸显了在临床环境中监测ST9型传播的重要性。
携带mutH突变CRKP菌株的毒力与耐药出现升级
美国匹兹堡大学的研究团队对一名肺移植受者在约4年时间内感染或定植的11株耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（CRKP）进行了全基因组测序。
分析结果表明，早期感染菌株和部分后期感染菌株存在差异，且携带mutHV76G突变的后期菌株成为超突变子，其mutH表达显著降低、利福平耐药突变频率更高，且在体外传代时对多种抗生素的耐药性出现了增强。因此，mutHV76G导致了超突变子菌株CRKP的出现，以此增强对抗生素耐药质粒的转移和接受能力。
全基因组测序分析揭示医疗环境中PA的动态传播
铜绿假单胞菌（PA）是医院获得性感染的主要致病菌，而医院的潮湿区域被认为是PA的潜在来源。伦敦大学学院附属医院的研究人员在2015-2020年对伦敦一家医院的水龙头、淋浴器、排水管等进行环境采样，共获得11例环境株，并获取同期确诊菌血症患者的PA临床分离株共10株，进行全基因组测序和生物信息学分析。
该研究发现一组13个高度相关的PA，包括9个临床株和4个环境株，对于传播情况，研究人员发现2018年患者A（图中Bed12）血液中的一株PA在次年传播给了同一病房的另外5名患者。此外，虽然患者C在不同时段居住于不同病房，但住院期间反复感染PA。TreeTime分析结果显示，2018-2019年的PA簇可能起源于2005或2006年（医院建设或开业时期）的一个共同祖先，并在随后的15年时间里分化为四个亚群，其在后续的淋浴排水和水储水设施中持续存在。因此，该研究表明，患者与环境之间的传播可能使PA自医院开业起就一直存在于医疗环境中。
全基因组测序分析揭示阿根廷侵袭性A群链球菌的感染特征
2023年，阿根廷侵袭性A群链球菌（iGAS）感染数量增加，全国监测系统共收到931例报告，其中476株分离株被送至国家参考实验室。随后，阿根廷国家实验室与卫生研究所管理局的研究人员对这些分离株进行全基因组测序分析。
分析结果显示，在476株分离株中，emm1型最为常见，占57%，其次是emm12型，占17%。其中，emm1型分离株主要来源于血液（58%）、皮肤/软组织（19%）和呼吸道（8%）。在分析emm1谱系的死亡率时发现，emm1-ST1319最高（33%），emm1-UK为24%，emm1-global为14%。此外，他们还发现严重感染在儿科患者（55%）中略多于成人（45%）。
据悉，这是拉丁美洲首次对iGAS进行基因组监测的相关研究，并在2023年阿根廷iGAS感染激增的背景下，基于全基因组测序分析，确定了emm1型为优势菌株并发现其高毒力谱系，为了解该地区iGAS的基因组特征提供了关键信息。
结 语
总的来说，文中提到的这7项研究借助基因组学等技术，深入探究了不同传染病病原体的特征、传播途径及进化规律，为疾病的防控和治疗提供了科学依据。面对未来可能出现的如“Disease X” 等疫情，我们更需以这些研究为借鉴，充分借助测序等先进技术，持续提升对病原体的快速精准检测，最大限度降低传染病带来的危害，守护人类健康。
滑动阅览
Source：
1.ESCMID Global 2025 P0244 Retrospective molecular epidemiological survey of an unexpected dengue outbreak in Taiwan, 2023
2.ESCMID Global 2025 P0372 An outbreak caused by imported sub-genotype B5 of EV-A71 reveals multiple recombination pattern in China
3.ESCMID Global 2025 P0367 A large outbreak of acute hemorrhagic conjunctivitis in Yunnan, China in 2023
4.ESCMID Global 2025 O0658 Characterisation of the virulence shaping and adaptability in the methicillin-resistant Staphylococcus aureus ST9 lineage
5.ESCMID Global 2025 O0660 Clinical carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CRKP) strains carrying a mutH mutation are hypermutators that have heightened virulence and readily develop beta-lactam/beta-lactamase resistance
6.ESCMID Global 2025 O0270 TreeTime estimation depicts transmission dynamics of clinical and environmental Pseudomonas aeruginosa from common reservoirs in healthcare environment through whole-genome sequencing (WGS)
7.ESCMID Global 2025 E0250 Genomic surveillance of invasive Group A Streptococcus in Argentina's 2023 epidemic: unveiling hypervirulent emm1 lineages and paediatric emm12 burden
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我是利天创世的签约作者“灵波”！
希望本篇文章《2025 ESCMID前沿进展：NGS破解全球传染病耐药与环境潜伏》能对你有所帮助！
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本文概览：导 读在全球化背景下，传染病的爆发更易引发大流行；此外，微生物耐药日趋严峻，高毒力或耐药菌株不断进化，造成极大健康和经济负担。因此，我...